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                RNA測序分析

                RNA在彩73方面的應用

                隨著NGS技術的廣泛應用,癌癥相關的轉錄組學數據日益增加。研究癌癥基因表達模式變化,
                挖掘與癌癥相關的分子標記物,是RNA在彩73方面的最主要應用。

                合作單位及內容

                目前彩73與中科院、深圳大學等單位建立了合作關系。

                中國科學院深圳大學
                基因表達

                1.基因表達

                一些基因的異常表達與癌癥的發生緊密相關,由於基因本身的變異或過表達,促使了原癌基因的激活或者抑癌基因的失活,影響了細胞的生長和分化,從而導致癌癥的發生。對於基因差異表達的分析能夠發現一組在正常樣本和患病樣本中表達不同的基因,為生物工作者進行實驗驗證提供候選基因。

                基因融合

                2.基因融合

                基因融合是指兩個基因的全部或一部分的序列,相互融合為一個新的基因的過程,形成融合基因的機制較為復雜:包括染色體易位、中間缺失、染色體倒置以及反式剪切等多種機制。目前基因融合的研究主要集中在癌癥的研究中,比如,白血病、前列腺癌、乳腺癌等,研究表明融合基因與癌癥的發生發展有很大關聯,參與融合的基因常常是一些原癌基因。

                SNP & InDel

                3.SNP & InDel

                SNP 全稱Single Nucleotide Polymorphisms,主要是指在基因組水平上由單個核苷酸的變異所引起的DNA序列多態性。

                InDel (insertion-deletion)是指相對於參考基因組,樣本中發生的小片段的插入缺失,是DNA結構變異種最常見的形式之一。

                SNP和InDel的變化可以導致細胞和組織生長異常,這就是彩73的表型特征。

                circos圖

                circos圖的環為染色體,環裏面的每條線為一個融合基因,線的兩端為融合位置。綠色線條表示染色體內(intrachromosomic)的融合。
                circos圖可以直觀看出基因融合的情況,對癌癥靶向治療起到指導作用。

                circos圖